2020年，教育部印发《关于加快推进独立学院转设工作的实施方案》，要求全国独立学院要尽快完成转设，包括转民办、转公办、终止办学等多种途径。很多人称独立学院为“民办三本”，实际上它不同于民办高校，它是在高等教育扩招背景下，由普通公办高校与民间力量共同举办的二级学院，为高等教育事业发展作出了重大贡献。
然而，随着独立学院的发展，师资结构不合理、办学产权不清晰等问题逐渐显现。为解决这些问题，2020年末全国独立学院要完成转设工作方案。江苏是我国的教育大省，省内有20余所独立学院，已有部分独立学院完成了转设，对于南京中医药大学翰林学院的转设，一直都是人们关心的问题。这所独立学院将变为南京中医药大学泰州校区，成为这所双一流大学的一部分。
南京中医药大学翰林学院创建于2002年，是一所公有民办二级学院，2005年被教育部批准设立为独立学院，2010年，学校迁址到江苏泰州。翰林学院依托南京中医药大学的优质资源，现设有护理学、中医学、中药学等18个本科专业。在2019年中国独立学院排行榜中，学院入选“中国高水平独立学院”，位居全国第13位，省内排名第4位。
实际上，翰林学院没有社会举办方，是南京中医药大学100%控股的独立学院，可以理解为公有性质、民办运行机制，因此学校只能转设为公办学院或者被母体收回。南京中医药大学泰州校区落户泰州后，就意味着翰林学院的转设工作已经开始了。2020年，学院停止了招生，首次以南京中医药大学泰州校区的名义招生，而且录取分数不高。
对于学院的转设，很多家长和学生会担心培养方案、师资力量、毕业证书会发生改变。其实，无论学院选择了哪种转设路径，几乎都是采用“老生老办法，新生新政策”的原则，毕业后颁发南京中医药大学翰林学院的毕业证和学位证。学院的转设同时也意味着，泰州市拥有了一所一本大学，而且还是双一流大学，有助于推动当地经济的发展。