菌种培育技术包括：菌房、养料、消毒、接种、采收等。
一、菌房
在种植菌子的时候那么就需要准备好菌房的建设，而现在比较常见的菌房也就是大棚搭建。菌房一般会选在地势较高的地方，但总体要比较平坦，周围比较空阔，通透性好。大棚要选用散射光材质的，地面需要用水泥修葺，这样方便冲洗。在菇房内要设好菇床，可木制、可铁制、还可砖砌。最后就是要留有窗户或者是卷帘，这样可以增强通透性。
二、养料
菌子种植养料的配制也是非常重要的。养料的主要成分是家畜粪便、麦草、麸皮、稻草、玉米杆等，一般在七月份左右的时候开始进行养料的堆制。我们需要粪便晒干、其他的材料需要切断，然后混合适量的石膏，用水或尿浸透，再按照一层草料一层粪便的堆起来进行发酵。一般每隔三四天就需要翻一次堆，大概半个月后就差不多可以了。
三、消毒
养料堆制完成之后，我们首先需要将菌房进行一次彻底的消毒杀菌，然后将养料搬入菌房中，在菌床上铺好。然后将菌房的门窗关闭，将室内的温度调高到六十度左右，三个小时之后，将温度调低到五十度左右，维持这个温度一周，让养料彻底的发酵。而且在这个发酵的过程中，还能对养料进行消毒杀菌，使养料中留下来的都是有益的微生物，这对菌子的生长有很大好处。
四、接种
等到养料的温度降低到二十五度左右的时候，这时就可以进行菌子接种了。我们要将养料在菌床上整平，每个菌床上养料的厚度要达到十五厘米左右。然后采用的穴播的方式进行接种，每株间的间隔大概是十厘米左右。如果想要提高它的发菌速度，那么可以尽量播密一些。接种之后需要保持养料的湿度，并且要增加菇房的通透性。最后将细肥土均匀的覆盖在养料上面，即可等待发菌。
五、采收
采收关系到菌子的产量和质量。其中最重要的就是水分管理和温度管理。我们要保持养料的湿度，在出菌初期湿度一般是在百分之七十左右，后期慢慢的恢复到百分之八十到九十左右即可，在浇水的时候，我们要遵循少量勤浇的原则。出菌房在发菌期间的温度最好是保持在十度到十八度左右，在出菌期将温度调高到二十到二十八度左右，这样可以加快出菌的速度。等到菌子长到一定大小的时候，就可以进行采收了。
培养纯菌种可以用哪些方法？
一、木棒培养母种
这种方法适用于木耳、香菇和银耳等生于段木上的食用菌。选出菇最多，生长最好的段木，并将其上出菇最多的一节锯下来，长约3厘米，去树皮。将心木放入75%酒精中消毒2分钟，用蒸馏水冲洗干净，用消毒纱布擦干。再用刀纵劈成3厘米长的木条，形状像火柴棒，棒中长满了菌丝。用镊子夹取1条，斜插在试管中马铃薯洋菜培养基的斜面上。将试管放在25℃的环境中培养，约30天，菌丝长满培养基，就可以得到我们需要的母种了。
这个方法有以下几个特点。第一个，容易感染杂菌。因此，段木用75%酒精消毒后，仍应在培养基中加些链霉素、青霉素或金霉素等，其用量是每毫升中加30单位（或1000毫升中加40微克），以抑制杂菌。第二个，无性繁殖，菌丝为双核菌丝。第三个，对银耳来说，木条中已有两种菌丝。接种后，银耳菌丝与香灰菌丝同时生长，香灰菌丝由白色变成浅灰色，培养基由黄变黑，这表明香灰菌丝成熟，而不是杂菌。
二、木塞培养栽培种
用打孔器，在桑、榆、槐、乌柏、重阳木、无患子、栗和悬铃木等硬木上打孔，取下圆柱形的木塞，直径约1厘米，长约1.5厘米。将木塞浸入水中24小时，使其吃透水分，再取出沥水，按其干重的3份比例，加入锯末培养基2份，拌和均匀。然后进行装瓶，在750毫升的广口瓶中，可装木塞200~300个，其间用锯末培养基填充。在高压灭菌锅中加压灭菌2小时后，放凉，即可接入原种。在25℃的室内培养30天，菌丝长满全瓶，即为栽培种。
木塞栽培种，适用于段木栽培香菇、木耳和银耳等。如果有意识地选择直径10-20厘米的段木，按行距5厘米，株距10厘米的距离，梅花形打孔取木塞，培养成栽培种，则在接种时，将木塞从栽培种瓶中取出来，直接放回原来的孔中，木塞中长满了菌丝，即生入段木中。菌种瓶中充满着锯末培养基，也是栽培种，可在段木上砍花接种。木塞也可以是楔形的，其基部为长方形，1×0.5厘米，长1.5厘米，垂直向下或与段木倾斜约30度。
三、培养银耳芽孢菌种
银耳的孢子落在普通的马铃薯洋菜培养基上，经数天后，孢子群成为乳白色，半透明，粘稠，边缘光滑，中央隆起的菌落，这不是菌丝群落，也不是杂菌，而是芽孢菌落。芽孢是真菌繁殖的一种方式，酵母菌就是用芽孢繁殖的，芽孢不能连接成很长的菌丝。如果把这种芽孢菌落转接在试管中的普通马铃薯洋菜培养基上，仍生成芽孢菌落。如果将蒸馏水注入到试管中，用接种针将芽孢菌落刮下来成为芽孢悬浮液，将这悬浮液倒入锯末培养基中，则能发育成为菌丝，制成原种。
如果在配制马铃薯洋菜培养基时，将洋菜增为25克，并加入过磷酸钙0.3克，以此来增加培养基的浓度和营养，则银耳的孢子在这种培养基上，就能萌发成菌丝。将芽孢转接在这种培养基上，也能萌发成菌丝。在普通的马铃薯洋菜培养基中，加入银耳锯末菌种的煮出液，也能促使银耳的孢子和芽孢萌发成菌丝。