体型区别
沼泽侧颈龟和西非侧颈龟的体型有较大的差异。沼泽侧颈龟的体型会大一些，它们在成年之后的身体长度会在30-50厘米之间;西非侧颈龟的体型则比较小，它们的身体长度会在20厘米左右。不过这只是成年后的体型，而且若是从这个方面比较的话需要选择两只年龄类似的龟。
腹甲颜色区别
二者的外观虽然有一定的相似性，但它们腹甲的颜色是有区别的。西非侧颈龟的腹甲颜色是比较淡的，它们的颜色一般是淡黄色或者白色。而沼泽侧颈龟的腹甲颜色则比较深，在成年之后的颜色是棕色或者棕黑色的。虽然沼泽侧颈龟在小的时候腹甲颜色较淡，但比较起来还是比西非侧颈龟的深一些。
分布地区区别
二者的分布地区也有差异。西非侧颈龟主要分布在非洲西部的一些国家，比如安哥拉、刚果共和国等等，这也是它们得名的原因。而沼泽侧颈龟则主要分布在非洲南部的一些国家，以及马达加斯加岛。