据资料记载，李时珍20岁那年，因患感冒咳嗽，日久不愈，渐至发热肤如火燎，每日吐痰碗许，烦躁口渴多饮，寝食几废，六脉浮洪。当时服了各种药物柴胡、麦门冬等月余，均无效果，病情越加严重，皆认为必死无疑。其父李言闻根据金元时期名医李东垣用黄芩治肺热如火燎、烦躁口渴多饮的经验，断其病为气分发热，因此用黄芩汤，泻肺经气分之火而治之。用黄芩一两煎汤后给李时珍一次服下，次日即身热尽退，随后吐痰、咳嗽皆愈。李时珍在《本草纲目》中黄芩条下详尽地记录了这件事，并感慨“药中肯綮，如鼓应桴，医中之妙，有如此哉。”
黄芩治好了李时珍严重的肺部疾患（据其症状分析当属现代医学之肺部感染一类疾病），正是由于黄芩具有苦寒之性，能泻实火，也就是发挥了黄芩抗菌消炎、退热的药理作用，故对壮热烦渴、肺热咳嗽有良好的疗效。黄芩以清泻肺热见长，治疗肺热咳嗽，单味黄芩即有效，临床上常配伍桑白皮、地骨皮等。治疗外感热病、壮热烦渴、苔黄脉数者，用黄芩配黄连、栀子、石膏等。黄芩与天冬、麦冬等配伍，可治疗阴虚有热之症。