一、西医病因病理
毒蕈所含毒素随品种不同而异，其发病机制亦不同。如含毒蕈碱，主要是刺激兴奋神经节后胆碱能神经；含溶血毒素(如马鞍蕈酸等)，作用于红细胞使之溶解；含肝毒素(如毒肽和毒伞肽等)则作用于肝细胞，引起肝坏死；而神经毒素(如异嗯唑类衍生物、蟾蜍素等)作用于神经系统，出现神经精神症状；含有吲哚的毒蕈，可致振荡和幻觉，系由于致幻素所致。
二、中医病因病机
毒蕈中毒系饮食不慎，误食含有毒邪的毒蕈所致。毒邪人胃，首先伤及脾胃，导致运化失常，气机逆乱，升降失司，清浊相干，则上吐下泻；毒邪炽盛，正邪相争，则寒战发热；毒邪伤及心、肺、肝、肾诸脏，则心悸不安，喘促气急，身目俱黄，小便黄赤；毒邪伤及络脉，则可出现尿血、皮肤紫斑等血证；毒邪扰乱神明，则烦躁、抽搐，甚至昏迷。
总之，毒蕈中毒为外邪所致，以邪实为主要病理表现。