疟疾治疗不仅是解除患者的疾苦，同时也是为了控制传染源、防止传播。现症病人要及时发现，及时根治。间日疟采用氯喹和伯喹（氯伯）治疗。恶性疟可单服氯喹。对间日疟患者，抗复发治疗可用伯喹。在恶性疟对氯喹产生抗性地区（如海南省、云南省）宜采用几种抗疟药合并治疗方案，如青篙素、咯萘啶与磺胺多辛和乙胺嘧啶合用。
按其对疟原虫生活史各期作用的不同主要有以下几类
1、杀灭红细胞外期裂殖体及休眠子，如伯喹，抗复发作用，也称根治药。乙胺嘧啶对恶性疟原虫红外期有一定作用。
2、杀灭红细胞内裂体增殖期，如氯喹，奎宁、咯萘啶、喹派，青蒿青及蒿甲醚等，用以控制临床发作。
3、杀灭配子体，如伯喹，用于切断传播。
4、杀来孢子增殖期，如乙胺嘧啶，可抑制蚊体内的孢子增殖发育。