阿米巴痢疾起病多缓慢。常以腹痛、腹泻开始。腹泻日数次至十余次。里急后重程度不一。大便量中等，常有脓血或粘液，典型粪便呈果酱样，有腐败腥臭。也可表现为单纯性腹泻。右下腹压痛明显。病程数日或数周可自行缓解，若不治疗，易复发。
诊断阿米巴痢疾引起的腹泻大便检查是比较常用的方法。留取大便时要挑取含有血液和粘液的部分，并应立即送检。显微镜检查可以看到大量红细胞粘集成团，白细胞比较少，此外还可看到无色透明的结晶，医学上称为夏科雷登结晶。找到阿米巴原虫可以确诊。急性期大便中可以找到活动性强、吞食了红细胞的滋养体，慢性期可以找到包囊。做乙状结肠镜检查或纤维结肠镜检查可以看到肠粘膜上有溃疡，溃疡之间的粘膜正常，在溃疡的边缘做组织活检病理切片或涂片检查可以找到阿米巴滋养体。抽血查阿米巴的抗体，阳性率在80%左右。