阿米巴痢疾的预防基本上与菌痢相同。彻底治疗病人和带虫者。大力消灭苍蝇和蟑螂。讲究饮水和饮食卫生，加强粪便管理，防止粪便污染食物和水。
当天的食物不要放在第二天再吃，天热很容易使食物变质，细菌容易生长。打开的水果，如西瓜等要尽量吃完，吃不完可以用保鲜膜封好，放到冰箱保存，但是时间也不要超过24小时。食物食用前必须充分加热、煮沸，饮用水亦需煮沸后再行饮用。平时要养成宝宝勤洗手的好习惯，并让宝宝知道指甲缝是最容易藏污纳垢的地方，洗手时要特别注意清洁，平时不要吃手。
外出旅行时，尽量自带食物和水，或到正规的饭店或旅行社指定饭店就餐，凉拌菜要洗净，并用开水烫后，加醋、姜、蒜拌匀后食用，尽量少要或不要凉拌菜。一些自身易带致病菌的食物如螺蛳、贝壳、螃蟹等海水产品，食用时一定要煮熟蒸透，杜绝醋泡、盐腌后直接食用等不良饮食习惯，不吃不认识的食品或其他可能有毒的食品如山蘑菇等。