与阿米巴肝脓肿相似的疾病有原发性肝癌，其发热、消瘦、右上腹痛、肝肿大等临床表现酷似阿米巴肝脓肿。但后者常热度较高，肝痛较著，癌肿肝脏的质地较坚硬，并有结节。甲胎蛋白的测定、B型超声波检查、腹部CT、放射性核素肝区扫描、选择性肝动脉造影、核磁共振等检查可明显诊断。肝穿刺及抗阿米巴药物治疗试验有助于鉴别。
血吸虫病，在血吸虫病流行区，易将肝阿米巴病误诊为急性血吸虫病。两者均有发热、腹泻、肝肿大等表现，但后者肝痛较轻，脾肿大较显著，血象中嗜酸粒细胞显著增加，大例孵化、乙状结肠镜检查、虫卵可溶性抗原检测有助于鉴别。
胆囊炎，起病急，右上腹痛阵发性加剧，且常有反复发作史。黄疸多见且较深，肝肿大不显著，胆囊区压痛明显，可作胆囊造影及十二指肠引流予以鉴别。