结肠溃疡中阿米巴滋养体借其侵袭力进入门静脉系统，到达肝脏；但亦可通过肠壁直接侵入肝脏，或经淋巴系统到达肝内，大多数原虫抵达肝脏后即被消灭，仅少数可存活并在肝内进行繁殖。阿米巴滋养体在肝组织门静脉内因栓塞，溶组织及分裂作用，造成局部液化性坏死而形成脓肿，自原虫侵入至脓肿形成，平均需时1个月以上，脓肿所在部位深浅不定，以大的单个为多见，约80%位于肝右叶，尤以右叶顶部居多，因右叶接纳的血液，来自肠阿米巴主要病变的盲肠和升结肠之故，因原虫经门静脉血行扩散，故早期以多发性小脓肿较为常见，以后才互相融合而形成单个大脓肿，脓肿中央为一大片坏死区，其脓液为液化的肝组织，呈巧克力酱样，质黏稠或稀薄，有肝腥味，含有溶解和坏死的肝细胞，红细胞，白细胞，脂肪，夏-雷晶体及残余组织，滋养体常聚集在脓腔壁，约1/3病例在脓液中可找到滋养体，但从未发现有包囊，脓肿可因不断扩大，逐渐浅表化，以至于向邻近体腔或脏器穿破，慢性脓肿可招致细菌继发感染，如大肠杆菌，葡萄球菌，变形杆菌，产气杆菌及产碱杆菌等，细菌感染后，脓液失去其典型特征，呈黄色或黄绿色，有臭味，并有大量脓细胞，临床上可出现毒血症表现。