肝脓肿分细菌性和阿米巴性两种，均为继发性感染，好发于右半肝（比左半肝高5倍）。细菌性肝脓肿，以多发性或多囊性脓肿为主；阿米巴性肝脓肿，则以单发性单囊性脓肿常见。两者都有向腹腔、右侧胸腔或心包腔溃破的可能性，若不积极治疗，可死于肝功能衰竭、败血症、胸腹腔感染、胆道出血等。
细菌性肝脓肿的病原菌多为大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、厌氧菌，可经胆道上行感染（如胆石症）、肝动脉播散（败血或脓血症）、门静脉扩散（如化脓性阑尾炎），开放性损伤等侵入肝脏。
阿米巴肝脓肿，则为肠内阿米巴原虫经结肠溃疡，穿入门静脉所属分支，抵达肝内所致。因原虫产生溶组织酶，使受累肝组织坏死液化，与血液混合成棕褐色脓液。