肺吸虫囊蚴当被吞食后，约30～60分钟即在上段小肠内经胆汁等消化液的作用而脱囊，脱囊后尾蚴穿过肠壁到达腹腔，在腹腔内幼虫先钻入腹壁肌肉内，稍稍发育，约一周后再逸出到腹腔内。可暂时侵入肝脏或穿透横膈到达胸腔，在胸腔内生活数日至十几日后侵入肺实质，并在肺内定居发育，约经60～80天后即成熟排卵。
虫体虽大多穿过横膈进入胸腔，但亦可继续在腹腔内窜行，侵犯肝脏、脾脏、肾脏形成囊肿。虫体亦可直接沿神经根侵入脊椎管在脊髓旁形成囊肿，破坏或压迫脊髓，造成截瘫。窜向下腹可侵及膀胱或沿腹股沟管到阴囊，引起精索及阴囊内病变，有的虫体可穿过腹壁肌至皮下组织，并到处游走成为游走性皮下结节。