寄生在人体胆管的虫体数目多少不一，感染轻者仅有十余至数十条，可不出现明显的病理损害临床表现。较严重的感染者其肝内胆管中的虫体数目可多达上千条，甚至见于肝外单刀胆道、胆囊胆总管及胰管。成虫本身的机械刺激及其分泌五的化学刺激作用，使胆管上皮细胞发生脱落继而显著增生，可呈腺瘤样，并伴有粘蛋百分泌活跃。随着干山时间延长，胆管壁增厚，管腔逐渐变窄而阻塞致胆汁淤积。有时阻塞以上之单干扩大成圆筒形、壶形或憩室。胆管及门静脉周围纤维增生，淋巴细胞及嗜酸性粒细胞进顺，并向肝实质侵入。肝组织有不同程度地浊肿或萎缩，长期重复感染者可能导致肝纤维化。左肝管与胆总管的连接较平直，蚴虫易于上行，故肝左叶的病变较重。胆总管或内的成虫，可引起肝外梗阻。激发细菌感染则发生胆管炎、胆囊炎。虫体进入胰管可引致胰管炎或胰腺炎。虫卵在胆道沉积后，可以其为核心形成胆道结石。长期的华支睾吸虫感染胆管细胞癌的发生密切相关。