急性期或间断发作期，本期病员粪便多呈水样或糊状，滋养体极易死亡而趋崩解，所以检查时应取新鲜标本做湿涂片（生理盐水），为了保持滋养体的活力，送检的标本应注意保温。镜下观察多可见到处于活跃运动状态的滋养体，依此据即可做出诊断。
亚急性期或慢性期：此期病员粪便已基本成形，内含包囊，一般采用2%的碘液直接涂片法即可确诊。为提高检出率，亦可采用硫酸锌浮聚或醛-醚浓集等方法。由于包囊排出具有间断性，采用隔日查一次，连续查三次的方法，可大大提高检出率。
小肠液检查：临床疑有本病而粪便中未查到虫体时可进行十二指肠引流或胆汁镜检。但此法病人较痛苦，不易接受，现多采用胶囊法。具体做法是：禁食后嘱患者吞下一个装有尼龙线的胶囊，线的末端经胶囊一端的小孔引出并沾在患者口外侧。吞下的胶囊在体内溶解后，尼龙线在体内自动松开、伸展，经3～4小时可达十二指肠和空肠。肠内若有滋养体，便可随肠液一起粘附于尼龙线上。缓缓拉出尼龙线，取线上的粘附物镜检，若查到滋养体，即可确诊。
小肠活组织检查：对粪便和小肠液检查均显示阴性的可疑病例，可利用内窥镜在小肠Treitz韧带附近摘取粘膜组织，进行压片初检，或固定后，用Giemsa染色。染色的贾第虫着紫色，肠上皮细胞呈粉红色，依此可将二者鉴别开来。此法简便易行，效果好，病人容易接受。