肠梨形鞭毛虫感染后症状的轻重，与虫株毒力和人体状况有关，当受染者胃酸缺乏和全身性免疫球蛋白低下时易发病。病变部位的不同症状有很大差异，有的仅为无症状带虫者，有的则可导致严重的吸收不良综合征。
梨形鞭毛病的三大类症状
胆道系统症状：肠梨形鞭毛虫病在胆道系统寄生，可以引起胆囊炎及胆管炎。主要症状为上腹部疼痛、食欲不振、消化不良、恶心、嗳气、胃部烧灼感、肝脾肿大，有压痛、进食油腻时加重，有时可出现黄疸。
神经症状：如失眠、头痛、乏力、眩晕、眼发黑、出汗、神经兴奋性增强、肌腱反射亢进等较为常见。
甲状腺机能失调：曾有人发现部分（15.5%）肠梨形鞭毛虫病患者的甲状腺机能有改变，其中以甲状腺机能亢进占大多数，基础代谢增高16%～20%，部分患者可增高30%，因而也会产生甲状腺机能亢进的症状。
急性或慢性阑尾炎型：症状与一般阑尾炎相似。切除的阑尾，呈炎性病变，粘膜有时可见溃疡，绒毛间可发现大量滋养体。
十二指肠炎型：有似十二指肠溃疡样疼痛，伴有纳差、低血压等。X线检查多显示球部变形，甚至有溃疡征。抗虫治疗后可以消除上述症状。
直肠乙状结肠炎型：与一般直肠乙状结肠炎同。用乙状结肠镜检查，可见弥漫性充血、水肿、严重者有圆形溃疡，溃疡表面覆有渗出性假膜。拭子检查可见大量滋养体。无特殊病理改变。
结肠炎型：主要症状有腹部钝痛，阵阵加剧，伴恶心、呕吐、腹泻，常被误诊为痢疾。