本病的治疗主要采用药物疗法，对急性期病员除给予有效的药物治疗外，还应采用口服或静脉补液，以免造成体液过多丢失。目前，主要的抗贾第虫药物有以下几种。
1．甲硝唑（metronidazole，商品名为灭滴灵），为广谱抗厌氧菌和抗原虫药物，临床上将其作为抗贾第虫首选药物。口服剂量为：成人每次0.8g，每天三次，连用五天；儿童15mg/（kg.d），分三次，连服五天，治愈率在90%以上，该药对胃肠道有刺激作用，常引起恶心、呕吐，孕妇应慎用或禁用。
2．替咪唑（einidazole，甲硝磺酰咪唑），也是一种抗贾第虫的有效药物，成人每天2g，儿童为50～70mg，均为一次顿服，治愈率在95%以上，该药副作用较小。
3．呋喃唑酮（furazolidone，商品名为痢特灵），亦是一种有效的抗贾第虫药物，口服剂量：成人每次100mg，每日四次；儿童6mg/（Kg.d），分四次服下，连服7～10天，治愈率可达85%～90%。
4．巴龙霉素（pramomycin），本品为一种非肠道吸收氨基糖苷，其药效低于其他药物，但因其肠道吸收量极低，毒副作用小，常用于孕期感染蓝氏贾第虫患者的治疗。
5．其他：中草药苦参、白头翁对本病也有一定疗效。