强调在诊断明确后，针对病历进行治疗。没明确诊断的治疗是一种盲目的对症治疗，有遗漏重要病变、延误病情，甚至导致错误治疗的危险。有人曾提出慢性便秘的治疗目的是：
①恢复正常排便频率和正常粪便稠度。
②解除便秘引起的不适。
③维持适当的排便规律而无需入为的帮助。
④缓解可致便秘症状的原发病。要达到这个目的不太容易，要求医生熟悉排便生理，对患者便秘的病因、病理生理有深刻的了解，正确运用各种治疗方法，以及病人的积极配合，但关键仍是准确诊断。
㈠原发病的治疗：对已查出的原发病，明确诊断后，采用相应的措施进行积极的治疗。如肛裂可局麻扩肛或行内括约肌侧切术治疗；结肠肿瘤则行根治或姑息切除；如系药物所致便秘，则应停服该种药物或改用他种不致便秘的药物；精神病、内分泌代谢病所致便秘应进行相应治疗以尽快消除原发病对肠道功能的影响等。
㈡一般治疗：在原发病一时难以纠正或暂未查出有明显原发因素者，以下一般措施对多数便秘患者有益。
1.纠正不良饮食习惯：多食粗纤维含量高的食物，养成多饮水的习惯。粗纤维能软化大便，增加粪便量，并刺激结肠蠕动，加快结肠转运。便秘患者定时口服少量的小麦麸皮，是一种有效而又价格低廉的疗法，但此法不适用于肠道有器质性狭窄者。饮水量应达每日3000ml，且不宜多饮茶或含咖啡的饲料，以防利尿过多。经上述治疗，因饮食及生活习惯改变所致的便秘常能迅速缓解。
2.纠正不良排便习惯：忽视便意是女性便秘患者中常见的现象，作者统计，高达33%。其中多因早晨忙于家务、急于赶路上班而来不及上厕所，部分则为工作中不便离开岗位而强忍便意。经常忽视便意将影响正常排便反射，导致便秘。坐在便器上看书看报是另一种不良排便习惯，不利于排便反射的连续进行。对于不习惯坐式便器者，改为蹲位排便较有利，因蹲位时，肛管直肠角增大，更有利于粪便通过。对于习惯长期服用泻剂排便者，应立即停止使用泻剂，在医生指导下恢复正常排便习惯。
3.养成良好的生活习惯：生活起居要有规律，要积极参加体育活动，保持乐观的的精神状态，也可有助于改善消化道的功能。
㈢药物治疗：可用于便秘治疗的药物很多，但多数不适于慢性便秘患者，亦不适宜长期适用。当前，滥用泻药的现象较为普遍，造成少少医源性便秘，临床上应慎重选用。常见的泻剂分以下几类。
1.刺激性泻剂：系通过刺激结肠粘膜、肌间神经丛、平滑肌，增加肠道蠕动和粘液分泌而发生作用，常见的有大黄、备泻叶、酚酞、蓖麻油等。大黄、番泻叶含葸醌，由结肠细菌水解成活性成分后发生作用，仅作用于结肠或远端回肠。大黄口服后6～8小时排出稍软的大便；番泻叶服用后8～10小时引起泻下，如量大，可因刺激太强引起腹痛及盆腔充血，故月经期、妊娠期禁用。蒽醌类可引起“结肠黑变”，即黑色素沉积在结肠粘膜，常发生于用药4～13个月后，停止用药后3～6个月可消失，一般不会引起远期病变。酚酞口服后在肠内与碱性肠液相遇形成可溶性钠盐，对结肠有刺激作用，导泻较温和，服药后4～8小时排出软便。部分由胆汁排泄，肠内再吸收形成肠肝循环，故一次给药作用可维持3~4天。蓖麻油口服后至小肠水解，释放出蓖麻油酸钠，刺激小肠主动分泌过程，减少糖吸收，促进肠蠕动，服药后3～5小时排出稀便。刺激性泻剂可引起严重绞痛，长期服用可致水电解质紊乱及酸碱平衡失调。当有规律地使用多年后，可引起“泻性结肠”，因难以识别，常被诊断为顽固性便秘而施以更多的泻剂，甚至施以其他不当的治疗。
2.机械性泻剂：系通过增加粪便的容量或改变粪便的成分以增加结肠推进运动，又可分为下几类：
⑴盐类泻剂：如硫酸镁、硫酸钠，因口服后不易吸收，使肠腔内渗透压升高，阻止了水分的吸收，致使肠内容物积增大，肠道扩张而刺激肠蠕动。作用较快，口服后0.5～3小时、直肠给药后5～15分钟发生作用。可用于急性便秘，灌肠则常用于粪便嵌塞，不能长期使用。腹泻剧烈者可致脱水。
⑵膨胀性泻剂（充肠剂）：这种制剂含纤维素，吸水后形成柔软的凝胶，使粪便容易排出，并可刺激肠蠕动。服后1至数天发生作用，无全身作用，可以长期使用，尤在低纤维膳食、妊娠期、撤退刺激性泻剂时为宜。小麦麸皮、玉米麸皮、魔竽淀粉、琼脂、甲基纤维素、车前子制剂等均属此类。服用这类制剂时须注意多饮水；有肠狭窄者，因可引致肠堵塞，应慎用。
⑶软化剂：为表面活化剂，能使粪便中的脂肪与水容易混合，并增加肠道分泌，如辛丁酯酸钠（钙）。通过口服，本身不吸收，但可增加其他物质的吸收，可能与泻剂的肝毒性有关。只宜于短期（1～2周）使用，故不适合用于慢性便秘。
⑷润滑剂：如石蜡油。在肠道中不被消化吸收，可包绕粪块，使之容易排出；同时又妨碍结肠对水的吸收，故能润滑肠腔、软化大便，口服后6～8小时发生作用。长期使用可妨碍脂溶性维生素的吸收。不应与表现活性剂同时使用，以名增加矿物油的吸收。本品还是从肛门漏出，引起瘙痒。只能短期使用，不适于慢性便秘。
⑸高渗性泻剂：因高渗性作用，增加肠腔内压，刺激肠蠕动。甘油直接注入直肠后，由于高渗透压刺激直肠壁引起排便反射，兼有润滑作用，几分钟内可引起排便。乳果糖经结肠细菌代谢为低分子时的酸，降低结肠pH值，增加肠蠕动。
⑹其他泻剂：曾使用过的一些泻剂还有甘汞、芦荟、牵牛、巴豆、硫磺等，现已不用。处理便秘病人时，应熟悉上述泻剂的作用，合理用泻。一般来说，慢性便秘以膨胀性泻剂为主，仅在必要时再使用刺激性泻剂。急性便秘可酌情选用小剂量的盐类泻剂、刺激性泻剂、润滑剂等，但不要超过1周；如超过1周仍不能纠正便秘，应仔细寻找病历。凡有长期滥用刺激性泻剂者，必须逐渐停用，并加服膨胀性泻剂。作者曾多次处理长期滥用各种泻剂者，停药后用服麸皮制剂，同时多饮水，逐渐恢复规律排便，此过程中，可酌情间断加用少量其他缓泻剂，以帮助平稳过渡。不少患者自行或按医嘱长期、连续服用各种泻剂，其实，一次用泻剂将结肠完全排空后，需3～4天结肠才能重新充满，因此，连续用药是不妥当的。一般泻剂口服后需6～8小时发生作用，故较合理的服药时间应为睡前，这样，次晨起床后或早餐后排便，更符合生理。
㈣灌肠：主要适应症是术前肠道准备、粪便嵌塞、急性便秘。温生理盐水较为适宜，因其对肠道刺激小。而肥皂水因对结肠粘膜刺激太大，应避免使用。另外，经常灌肠是产生依赖性，应予注意。
㈤外科治疗：外科治疗的适应症主要是结肠、直肠、肛管器质性或功能性病变所引起的便秘。
1.结肠阻塞：由于以往的常规检查手段即能容易地明确此类病变，从而及时采取相应的治疗措施，恢复结肠的畅通，消除便秘症状。
2.直肠肛管出口阻塞：
⑴肛管狭窄、肛裂、痔可分别作相应的外科处理，注意必须保护肛管组织，以免术后造成新的狭窄。
⑵直肠内套叠(rectal intussusception)。
⑶直肠前突（rectocele）：在女性中十分常见，但仅部分病人有便秘症状，而且直肠前突的深度与排便困难的程度并无明显的平行关系。这提示，发现直肠前突不等于发现了便秘的真正病因。据作者研究的结果，直肠前突只是盆底松弛所引发的诸多临床表现中的一种表现形式，而且相当多的肠道慢转动型便秘患者也有明显的直肠前突。只有经过反复、周密的检查，排队了肠道慢转运、内外括约肌、盆底肌功能失常和直肠内套叠以及滥用泻药的影响后，再经1～3个月严格的保守治疗，确定直肠前突是引起出口阻塞症状的主要原因，而且保守治疗不能解除症状时施行直肠前突修补手术才能获得预期的效果。如果仅凭某些检查便急于手术治疗，很难得到可靠的远期疗效。
⑷盆底痉挛综合征（spastic pelvic floor syndrome）和耻骨直肠肌综合征（puboreetalis syndrome）：都是因盆底肌（横纹肌）在排便时不能松弛，甚至反而收缩，以致封闭盆底出口，引起排便困难的综合征。两征在病因、诊断、治疗等方面都还有许多问题有待进一步探讨。以往认为，两征的主要区别是后者有耻骨直肠肌肥大，故一段时间内曾采用耻骨直肠肌部分切除术、切断术治疗此类疾患，但远期疗效均不理想，目前，多倾向采用生物反馈疗法以训练病人排便时松弛盆底肌，坚持长时间训练，获得了较好的疗效。作者对上述两综合征进行了研究以后，认为这一类疾病的发病原因可能与潜在的先天异常有关。两种综合征可能是同一疾病的不同发展阶段。其临床的共同特征是排便时盆底横纹肌反射性弛缓功能失常，导致盆底肌、外括约肌整体反常收缩，而在安静及盆底收缩时无明显异常，故建议统一改称为“盆底失驰缓综合征”（unrelaxed pelvic floor syndrome）。
由于迄今为止还不能从解剖学、生理学、组织学方面证实后一综合征的病理变化仅发生在耻骨直肠肌，而作者对多例此类患者进行耻骨直肠肌、耻骨尾骨肌、外括约肌同步