慢性肾盂肾炎如果长期治疗不愈，并且反复发作，最后会导致为慢性肾功能衰竭，即尿毒症；反过来，得了尿毒症的病人，如继发肾感染，又成为加剧尿毒症的因素。
临床上往往见到这样的情况，一旦肾感染得到控制，尿毒症症状往往可减轻，称之为可逆因素。尿毒症合并肾感染，治疗上相当棘手，原因是：尿毒症病人，肾脏血流量减少，抗菌药在肾组织内达到有效浓度所需的时间长，故细菌易于产生耐药性；尿毒症并发肾感染的致病菌常常是在住院期间得病，因而抗药菌株多；在使用抗菌药物时矛盾多，譬如：尿毒症时，为了避免全身药物中毒，常常减量使用抗菌药物，但减量以后，抗菌药在肾脏内浓度又不易达到灭菌水平，故疗效差；尿毒症时，有许多具有肾毒性抗菌药需慎用或禁用，例如：多粘菌素、粘菌素、卡那霉素、链菌素、万古霉素等肾毒性较强应慎用。
四环素类药会加重氮质血症，呋喃口旦啶在肾功能衰竭时使用易引起神经炎等毒性症状，故在尿毒症时不宜使用；尿毒症病人因患者药物排泄功能减退，如果疗程长，易蓄积中毒。有些人治愈心切，长期不间断地服药，这样不但达不到目的，而且导致耐药性细菌的侵入，甚至引起2种以上细菌混合感染，反而给治疗上带来更大的困难。