肾盂肾炎是由各种病原微生物感染直接引起肾小管、肾间质和肾实质的炎症。有报告一些肾盂肾炎。特别是慢性期病灶和肾疤痕组织中，存在某些病原体的抗原成分，有些还可寻到免疫复合物沉积，结合致病菌有抗体包裹以及肾组织中有淋巴细胞和单核细胞浸润等事实，表明肾盂肾炎的发病机理中存在着免疫反应性损害。
一、病原体致肾盂肾炎的病原体，主要为非特殊性细菌，其中以大肠埃希氏杆菌为最多（占60－80％），其次为变形杆菌、葡萄球菌、粪链球菌、产碱杆菌、少数为绿脓杆菌；偶为真菌、原虫、衣原体或病毒感染。
二、感染途径
①上行感染：是肾盂肾炎的主要感染途径。正常情况下尿道口及其周围有不同数量的病原体寄居，但不致病，在某些诱因（如机体抵抗力降低、尿流不畅、性生活等）存在时，病原体可侵入并沿尿道，经膀胱、输尿管侵犯肾盂粘膜，后经肾盏、肾乳头上行抵达肾实质而致病。男女均可发生，但女性尿道短而宽，女婴尿道口易被粪便所污染，老年妇女尿道口常有肉阜致排尿不畅，均易发生上行感染。
②血行感染：病原体从肾外任何部位的感染灶，而经血循环播散到肾脏而致肾盂肾炎，如疖、痈、骨髓炎或败血症等并发的肾盂肾炎。
③淋巴道感染：下腹部和盆腔器官的淋巴管与肾的淋巴管有多数的交通支，结肠肝曲与各肾之间有淋巴管沟通，当盆腔感染或结肠有病变时，细菌可沿淋巴道感染肾脏。
④邻近组织感染的直接蔓延：如阑尾脓肿、腹腔或盆腔脓肿直接蔓延，导致肾盂肾炎。
三、诱发因素有以下几点：
①尿流不畅：可助长病原体繁殖而致上行感染，如多囊肾、肾结石、肾肿瘤、肾下垂、输尿管或下尿道结石、肿瘤、妊娠、神经性膀胱、前列腺肥大、尿道狭窄等均易诱发本病。
②膀胱－输尿道返流；指排尿时尿液从膀胱经输尿道返流至肾盂的反常，如膀胱三角及输尿管下端的肌肉张力较低，正常膀胱过度充盈或炎症均可致膀胱－输尿管返流，诱发感染。
③机体低抗力降低：全身性疾病如糖尿病、易并发本病。
④尿路手术或器械操作；尿路手术如尿道扩张术，膀胱镜检查、导尿、尤其是留置导尿管四天以上者，可高达90％。
⑤性生活：性生活时由于女性尿道口受压内陷，创伤或尿道过短，前尿道的细菌易被直接挤入膀胱而致感染。