新型隐球菌肉芽肿形成占位病变，引起颅内高压及局灶症状者，应行开颅手术切除，术后继续使用药物治疗。
1.药物治疗(1)两性霉素B 是治疗中枢神经系统隐球菌病的首选药物，口服首剂量一般为每日1mg，每日增加2～5mg至每日剂量达1mg/kg。期间每周进行一次脑脊液培养，待培养转为阴性后治疗至少再持续4周。(2)5-氟尿嘧啶每日50～150mg／kg，分次每6小时口服用1次。以每日150mg／kg与两性霉素B每日0.3mg／kg的剂量合用为最佳，全疗程共6周。用药期间注意其副作用(最严重的副作用为骨髓抑制)。(3)咪康唑每次150～300mg，静脉滴注，每日3次。3～12周为1疗程。
2.手术治疗有颅内高压及局灶症状者，应行开颅手术切除。