据统计约20%的小口径缺损可在幼儿期自行闭合。流行病学调查表明，婴幼儿的的室间隔缺损患病率约为0.3%而据成年人萍熳柿希室间隔缺损的发现率仅为0.03%，可充分证明自行闭合这一事实室间隔缺损不经手术治疗，其平均寿命为25～30岁，出现艾森曼格综合征后生命期限明显缩短。
缺损口径较小分流量较少者，一般无明显症状。缺损较大分流量较多者，可有发育障碍，活动后心悸气急，反复出现肺部感染，严重时可出现呼吸窘迫和左心衰竭等症状当产生轻度至中度肺动脉高压、左至右分流量相应减少时，肺部感染等情况见减轻但心悸、气急和活动受限等症状仍存在，或更形明显重度肺动脉高压、产生双向或反向(右至左)分流时，出现紫绀即所谓艾森曼格综合征，体力活动和肺部感染时紫绀加重。最终发生右心衰竭
在肺循环阻力和体循环阻力正常的情况下左心室收缩期压力明显高于右心室，二者约呈四与一之比。室间隔缺损时每当心室收缩期，血液通过缺损产生左至右分流。婴儿出生后头几周内由于肺小动脉仍保持某种程度的胚胎期状态，肺血管阻力仍较高，因此左向右分流量较少此后分流量逐渐增多。由于肺血流量增多，肺静脉和左心房的压力亦随之升高致使肺间质内的液体增多，肺组织的顺应性降低，肺功能受损且易招致呼吸系感染。因此，分流量增多时特别在婴幼儿时期，会出现呼吸窘迫。呼吸困难增加能量消耗加以体循环血流量相应减少，因而影响全身发育。心室水平的左向右分流使左、右心室负荷均增加。起初随着肺血流量的增多，肺总阻力可作相应调节，因而肺动脉压力增高不明显(肺血管床正常时肺血流量增加4倍，仍可赖肺总阻力的自身调节而保持肺动脉压力无明显改变)。继之肺小动脉发生痉挛、收缩等反应性改变，肺血管阻力随之增加肺动脉压力亦相应升高，肺静脉和左心房压力反见下降，肺间质水肿和肺组织顺应性相应好转呼吸功能和呼吸系感染等可随之改善。虽然有这种相对平衡和缓解阶段，但是肺小动脉却逐步由痉挛等功能性改变向管壁中层肌肉肥厚、内膜增厚、管壁纤维化和管腔变细等器质性改变方面发展使肺动脉阻力日益增高，产生严重的肺动脉高压。随着上述病理生理演变左身中分流量由逐步减少发展成双向分流，以至最终形成右向左的反(逆)向分流，后者使体循环动脉血氧含量降低出现口唇及指、趾端紫绀，体力活动时尤甚即所谓艾森曼格(Eisenmenger)综合征。此时，左心室负荷减轻而右心室负荷进一步加重。上述病理生理演变过程的长短，视缺损口径的大小而异大口径缺损可能在2～3岁时已出现严重的肺动脉高压，中等大缺损可能延至10岁左右，而小口径缺损上述发展较慢可能在成年后方出现，偶见安然度过终生者。
诊断室间隔缺损一般依据病史、心脏杂音、心电图胸心X线摄片、超声心动图和彩色多普勒显像，即可做出判断心导管检查和心血管造影仅在必要时作为辅加诊查措施。
心室间隔缺损的病理生理影响主要是由于左右心室相沟通，引起血液分流，以及由此产生的一系列继发性变化分流量的多寡和分流方向取决于缺损口径的大小和左右心室之间的压力阶差，而后者又取决于右心室的顺应性和肺循环阻力情况。
体检时缺损口径较大者，一般发育较差，较瘦小晚期病例，可见唇、指紫绀严重时可有仟状指(趾)，以及肝脏肿大、下肢浮肿等右心衰竭表现分流量较大的病人，可见心前区搏动增强，该处胸壁前隆叩诊时心浊音界扩大。
心脏听诊：在胸骨左缘第34肋间(依缺损所处位置的高低而异)可闻及Ⅲ ～Ⅳ级全收缩期喷射性杂音，同一部位可扪及震颤。肺动脉压升高者在肺动脉瓣区可听到第2音亢进。有时因缺损表面被腱索、乳头肌或异常膜状物覆盖致使杂音强度较弱，震颤亦不明显，但根据其喷射性杂音的性质仍可加以判断。分流量较大者，在心尖部尚可听到因流经二尖瓣瓣口血量增多而产生的舒张期隆隆样杂音严重肺动脉高压、左右心室压力相近者，收缩期杂音减轻以至消失而代之以响亮的肺动脉瓣区第2心音或肺动脉瓣关闭不全的舒张期杂音(Graham Steell杂音)。高位室间隔缺损伴有主动脉瓣脱垂、关闭不全者除收缩期杂音外尚可听到向心尖传导的舒张期递减性杂音，由于两杂音之间的间隔时间甚短，易误为持续性杂音测血压可见脉压增宽，并有股动脉“枪击声”等周围血管体征。
除了解室间隔缺损本身之外同等重要的是了解是否有并发畸形，特别有无主动脉瓣脱垂、左心室流出道狭窄和动脉导管未闭等以免因漏诊造成不良后果。