新鲜肛裂：经非手术治疗可达愈合，如局部热水坐浴，便后用1：5000高锰酸钾溶液坐浴，可促使肛门括约肌松弛；溃疡面涂抹消炎止痛软膏（含地卡因、黄连素、灭滴灵等），促使溃疡愈合；口服缓泻剂，使大便松软、润滑；疼痛剧烈者可用普鲁卡因局部封闭或保留灌肠，使括约肌松弛。
陈旧性肛裂：经上述治疗无效，可采用手术切除、包括溃疡连同皮赘（前哨痔）一并切除，还可切断部分外括约肌纤维，可减少术后括约肌痉挛，有利愈合，创面不予缝合，术后保持排便通畅，热水坐浴和伤口换药，直至完全愈合。近年来采用液氮冷冻肛裂切除术，获得满意疗效，术后痛苦小，创面不出血，不发生肛门失禁等优点。
【中医治疗】
中医对肛裂的治疗，不仅在手术技术方面有许多独创，而且在药物治疗方面有非常丰富的医疗经验。
(1)燥火便结：一般症见大便坚硬燥结，排粪时肛门剧烈疼痛，便后略有缓解，尔后可持续疼痛数小时，甚则整日疼痛不减，便时鲜血随之而下，多呈点滴状。常因大便燥结痛苦，而不敢正常进食，伴有心烦意乱，口苦咽干，舌苔黄燥，脉数。
证属：燥火郁结，结于肠道。
治法：宜清热泻火，润肠通便。
方用：栀子金花丸，或以此方加减使用。外用祛毒汤熏洗，敷生肌玉红膏于伤口。
(2)湿热蕴结：便时腹痛不适，排便不爽，肛门坠胀，时有粘液鲜血，或可带有脓血，苔黄厚腻。
证属：湿热下注，蕴结于肛。
治法：清化湿热，润肠通便。
方用：黄连汤加减内服。
外用四黄膏敷肛裂处。 或回肛散
(3)血虚肠燥：便时肛门疼痛，流血，大便秘结，皮肤干涩，口干舌燥，心烦失眠，午后潮热，舌红少苔，脉细数。
证属：血虚肠燥，结而化火。
治法：凉血养血，润燥通便。
方用：麻仁润肠丸，或用济川煎即可。