泌尿系结核是全身性疾病。故须重视全身的治疗。包括营养、环境、休息、医疗体育等。现代化学治疗的进展，使泌尿系结核的治疗原则有所改变，以药物治疗为主，配合必要的手术治疗。早期泌尿系结核病变较轻，范围局限。在正确使用抗结核药物治疗后，多能治愈。只有在肾脏破坏严重或泌尿系统有严重并发症，如输尿管狭窄、膀胱结核性挛缩伴对侧肾积水时，才需要手术治疗。手术旨在去除不可修复的破坏病灶，解除梗阻，抢救肾功能。
早期结核病变未波及膀胱时，正确应用抗结核药和手术治疗应能治愈，治愈率可达90～95%以上，若伴有严重膀胱结核造成对侧肾积水或两侧肾结核致使肾功能衰竭时，可死于尿毒症。
泌尿系结核其预后取决于
①、全身情况和泌尿系以外的结核病状况；
②、膀胱结核病变的轻重；
③、对侧肾脏病变和功能情况；
④、治疗的时机和治疗的正确性包括药物的选用，病人对抗结核药物的耐受性和结核杆菌的敏感性以及尿路有无梗阻等因素。
泌尿系结核的根本措施是预防肺结核。重视肺结核和其他结核病患者的尿液检查，可早期发现泌尿系结核。