对男性不育症有各种不同的分类方法，但是，关键的是精子的质量、数量、活力、活率等主要指标出现了足以导致男性不育症的因素。有学者根据精液化验结果将男性不育症，分为少精子症、弱精子症、畸形精子症、无精子症等；还有人将其分为性功能障碍性不育症、精液异常性不育症、无精子症等。但是，这些说法都是不规范的，常常难以统一。为此，世界卫生组织提出了以病因诊断为依据的分类方法，这一分类方法是目前世界上最为权威的男性不育症诊断分类方法。
按照这种分类，男性不育症有十六类,分别是：性交和/或射精功能障碍；免疫学病因；原因不明；单纯性精浆异常；医源性病因；全身性病因；先天性异常；后天获得性睾丸损伤；精索静脉曲张；男性副性腺感染；内分泌病因；特发性少精子症；特发性弱精子症；特发性畸形精子症；梗阻性无精子症；特发性无精子症。
特发性男性不育症包括了特发性少精子症、特发性弱精子症、特发性畸形精子症和特发性无精子症四类。它是指男性不育症患者除有精子异常外，其余情况均正常，而患者出现精子异常的原因不明，故而称为特发性男性不育症。例如，特发性少精子症即是指精液检查仅发现精子数目减少，而睾丸体积、功能、内分泌功能、其它精液检查等均正常。其精子数目减少的原因不明，一旦找到了精子减少的原因，则不能再叫做特发性少精子症。
在世界卫生组织的男性不育症病因诊断分类中，有一类是“原因不明”的男性不育症。有人常搞不清它与特发性男性不育症的区别。特发性男性不育症的概念已如上述，是指患者发病的根本原因虽不清楚，但其表面原因是已知的，如少精子、弱精子等。而原因不明的男性不育症是指患者的全部检查均正常，不但致病的根本原因不明，甚至连表面原因也未找到，因此，它是彻底的“原因不明”。