扁平疣的治疗包括口服中药，注射激素因子，还有采用激光铲除等方法。另外对于偏方包括硫代硫酸钠+70%的医用酒精溶液等等。
(1) 口服中药。由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，这种口服中药运用扶正祛邪的原理，不是直接杀灭病毒，所以效果并不理想，并且要长期连续服用几十天，一般人很难坚持。
(2) 注射激素转移因子。西医治疗扁平疣主要注射转移因子等激素来提高人体免役功能。由于这一种间接性治疗不是直接能杀灭扁平疣病毒，所以治愈率也很低，特别是对一些年龄偏高的人。
(3) 采用激光铲除的方法。由于扁平疣病毒是在表皮下面，激光只能铲除表面扁平疣颗粒，而皮下病毒没有铲除，所以不可能起到根本的治疗作用，即使当时铲除了，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。
介绍几个小偏方：
(1)硫代硫酸钠+70%的医用酒精溶液，必须在最热的夏天涂抹。
(2)用些药粉用白醋稀释途患口，买白醋一瓶 ，鹌鹑蛋若干个，玻璃瓶一个 ，用白醋浸泡鹌鹑蛋两个星期，在用醋煮熟食用， 一次俩颗。