在胚胎形成过程中胃肠道上皮和皮肤是同一个来源，因此，胃肠道是硬皮病最常见的内脏受累部位，无论是弥漫型或局限型病人都会有不同程度的胃肠道症状。由于皮肤和皮下组织纤维化使得病人张口困难、口腔粘膜干燥和易患牙周炎、牙龈萎缩，导致病人吃东西困难，牙齿脱落，营养不良，约60%的病人有食道下段纤维化和肌肉萎缩，食道下端括约肌无力，张力下降，上方的食道壁扩张失去运动，病人吞咽时常感到哽噎不畅，好像食物被什么东西挡住停在胸骨后或上腹部心窝处不往下走，躺下时症状更加明显。
严重的病人因食道狭窄可出现吞咽困难。胃很少累及，但十二指肠和空肠却易受累，肠道蠕动减少，可以没有症状，或有轻度肠管扩张，痉挛性腹痛，表现为肚子一阵一阵绞痛，压上去觉得舒服些。也可出现假性肠梗阻导致严重肠管扩张、腹痛和呕吐。病变肠管扩张不能蠕动，肠液积蓄淤滞，细菌大量繁殖，可以引起吸收不良，病人出现腹泻、营养不良、体重下降。
结肠、直肠受累时病人常常表现为便秘。局限型病人在得病后很长一段时间内不会出现其它重要脏器如心、肾等受累，或症状很轻，发展较慢。弥漫型病人出现皮肤、胃肠道症状后1～3年中常常容易出现内脏受累的表现。