扁平苔藓具有明显的组织学特征。持久的口腔或外阴扁平苔藓呈肥厚的融合损害有时在临床上很难与粘膜白斑相鉴别，口腔广泛的糜烂性损害也需要与念珠菌病，癌肿。阿弗他溃疡、天疱疮、瘢痕性类天疱疮和慢性多形性红斑相鉴别，扁平苔藓损害周围可见短的树枝状伸展和特殊的灰白色花边样损害，活检常常是有指征的，但陈旧性损也可没有特殊发现。
扁平苔藓并发症状
(1)、神经系统症状：由神经系统症状者占20%～50%。表现为自主神经系统功能紊乱，精神紧张，失眠多梦，健忘等。从病史中多见精神创伤引起发病或使病情加重的病例。
(2)、消化系统症状：有消化系统症状的病人占10%～30%。表现为消化功能紊乱，或伴有肝、肾及十二指肠溃疡等疾病。
(3)、高血压：有高血压的病人占5%～10%，国外有人认为口腔扁平苔藓与高血压关系密切。
(4)、糖尿病：国外学者反响口腔扁平苔藓病人中13%同时患有糖尿病。我国资料显示患糖尿病的不超过5%，但临床上往往见到当血糖及尿糖增多时口腔或皮肤的病情加重。反之，当血糖得到控制后口腔及皮肤的损害多会减轻或愈合。
(5)、其他全身疾病：如心脏病、关节炎、泌尿系统疾病、女性月经不调、过敏、贫血等均有伴发，各在5%～10%。总之口腔扁平苔藓病人不伴发全身疾病仅在少数，低于10%。国内学者报道65例口腔扁平苔藓病人中有全身系统病163项，平均每人2～7种，少者1人1种，多的1人有9种全身病。只有5例无全身系统疾病。