巨型色素痣无论是良性还是恶性变者，均应积极、及时处治，应以手术彻底切除为主。由于手术的难度大、特别是对学龄前的受术者，尤应作好充分的术前准备，包括对受术者全身情况的了解、术前设计、手术实施方案的制订及可能发生问题的防治措施等，均应一一作好周全的准备。
同时，为预防术中痣细胞清除不彻底及痣细胞在无意中人为“移植”它处，特别应讲究手术的操作原则、细节，除切除范围应够大外，切除深度亦应注意等。为了确保切除痣后创面的有效覆盖，不论是植皮还是皮瓣法修复，均应严格把握术中、术后各个细节，以确保植皮与皮瓣移植成功，从而获取最佳效果。