婴幼儿消化系统发育不良，各种消化酶的分泌较少，活力较低，对食物的耐受力差不能适应食物质、量的较大变化，因生长发育快，所需营养物质相对较多，消化道负担较重，经常处于紧张状态，易于发生消化功能紊乱。胃内酸度比成人低，抗菌能力差，血液中免疫球蛋白和胃肠道SIgA均较低，易患肠道感染。
小儿腹泻可由非感染和感染性原因引起。
(1)非感染性原因有：生理性腹泻，母乳的营养成分超过小儿的生理需要量和消化功能的限度时，便会使小儿发生腹泻；喂食不当可引起腹泻，多为人工喂养儿，由于喂养不定时、量过多或过少或食物成分不适宜，如过早喂食大量淀粉或脂肪类食物、突然改变食物品种或断奶；个别小儿对牛奶或某些食物成分过敏或不耐受(如乳糖缺乏)，喂食后可发生腹泻；气候突然变化，腹部受凉使肠蠕动增加；天气过热使消化液分泌减少，而由于口渴吃奶过多，增加消化道负担，均易诱发腹泻。
(2)感染性原因：分为肠道内感染和肠道外感染。
肠道内感染可由病毒、细菌、真菌及寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。
病毒感染为：
①人类轮状病毒：是婴幼儿秋冬季腹泻的最常见病原；
②诺沃克病毒：多侵犯儿童及成人，与婴幼儿腹泻的关系不密切。
细菌感染：
主要为大肠杆菌和痢疾杆菌引起的感染。
病原微生物随污染的饮食或水进入消化道，也可通过污染的日用品、手、玩具或带菌者传播。
另外，患中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、泌尿系感染、皮肤感染等或急性传染病时，由于发热及病原体的毒素作用使消化道功能紊乱，可伴有腹泻。有时，肠道外感染的病原体可同时感染肠道(主要是病毒)。