侏儒症的原因有很多，简单说来有：
1.体质性，如原基性侏儒症、青春发育延迟等；
2.内分泌性，如各种引起甲状腺功能减退的疾病，垂体前叶功能减退，原发性真性性早熟、性腺发育障碍、假性甲状旁腺功能减退症等；
3.骨骼系统疾病，如软骨营养障碍、粘多糖病、先天性成骨不全、脊柱结核等；
4.营养代谢性疾病，如慢性寄生虫病、吸收不良综合症、佝偻病、抗维生素D性佝偻病、肾性佝偻病、慢性重度营养不良、糖尿病等；
5.血循环障碍和长期缺氧，如先天性心脏病、广泛的慢性肺部疾病等；
6.原因不明的疾病，如早老症等。据国内外统计，能引起身材显著短小的疾病不下50―60种，在各种医疗综合症中有40多种能引起生长迟缓和身高不足。