（一）肺部并发症 百日咳常继发其他细菌或病毒感染引起肺炎，百日咳杆菌也可导致肺炎，如有持续高热、呼吸急促、两肺可闻及中细湿学音时，即可肯定诊断。粘稠的呼吸道分泌物可引起肺气肿或肺不张。剧烈咳嗽有时可造成肺泡破裂引起气胸、纵隔气肿或皮下气肿。
（二）百日咳脑病 病情严重，多发生在痉咳后期，系因脑组织缺氧、缺血、出血或颅内高压等造成；表现为反复抽搐、意识障碍、甚至昏迷，可伴有脑膜刺激征或病理反射阳性等体征。
（三）结核病恶化 百日咳可使原有的结核病灶恶化甚至引起血行播散。
（四）其他 因剧烈咳嗽，腹腔内压力增高可发生脐疝、腹股沟斜疝或直肠脱垂等症。