常染色体和性染色体的异常均可引起隐睾的发生。常见的伴有隐睾发生的遗传内分泌综合征有：
(1)Kallmann综合征：是X一链隐性遗传疾病，促性腺激素分泌激素低下，性功能低下，常伴有隐睾。
(2)Klinefelter综合征(小睾丸综合征)：病人表现无睾症体型，男性乳腺发育，隐睾且睾丸小而质地硬，睾丸曲精管透明样变和纤维化，不能生精。
(3)Noonan综合征(男性Turner氏综合征)：病人常有面部异常，心血管异常，泌尿系统异常和隐睾(70%)。
(4)其他还有Prader-Willi综合征、Down综合征、Aarkog综合征等其他遗传、内分泌综合征常常伴有隐睾的发生。
真性和假性二性畸形的病人往往有复杂的遗传和内分泌异常，如病人伴有隐睾，须先做详细的遗传和内分泌学检查，再作进一步治疗。