一、西医病因病理
月经是指子宫内膜周期性变化随之出现的周期性子宫出血。正常月经的建立和维持有赖于在大脑皮质控制下的下丘脑C垂体C卵巢轴功能的神经内分泌调节，以及靶器官子宫内膜对性激素的周期性反应，其中任何一个环节发生障碍，不论是器质性的或是功能性的均会出现月经失调，甚至导致闭经。现将闭经病因病理分原发性、继发性闭经并按其病理分区分述如下：
(一)原发性闭经的病因病理：原发性闭经多数是由先天性异常引起的，主要为性染色体异常、性腺发育不全、性分化异常、副中肾管发育障碍和HPOU轴不成熟所致。根据国内（葛秦生，1981)120例原发性闭经病因分析：45，XO及其嵌合型占42．5％，单纯性性腺发育不全15％，睾丸女性化综合征5．8％，以上三者占总数63．3％(76／120)。根据国外（Lewis1970，Hauser＆Kumschick l966)538例原发性闭经病因分析：45，XO及其嵌合型29%。46，XY女性11％，多囊卵巢10％，卵巢不敏感综合征9％。以上四者占60％。性腺外因素HPOU轴不成熟10％，副中肾管发育障碍20％，迟发青春期6％，其他4％。
二：中医病因病机
按“审证求因”原则，综合历代医家的观点，闭经的病因不外虚实两端，即《景岳全书•妇人规》所指出的血枯与血隔。《类经•疾病类》：“血枯一证与血隔相似，皆经闭不通之候。然而枯之与隔，则相反有如冰炭。夫枯者，枯竭之谓，血虚之极也。隔者，阻隔之谓，血本不虚，而或气或寒或积有所逆也。”临证虚者，多因先天不足，或后天损伤，而致冲任不能满赢，血海空虚，无血可下；实者，多因邪气阻滞，气血不通，经隧阻隔而成。具体可分肾虚、气血虚弱，阴虚血燥、气滞血癌、痰湿阻滞、寒湿凝滞等。
（一）肾虚
肾主生殖，为月经的生理源泉。《妇人大全良方》曰：“女子二七而天癸至，肾气全盛，冲任流通，经血渐盈，应时而下，否则不通也。”《医学正传•妇人科》云：“月经全借肾水施化，肾水既乏，则经血日以干涸。”说明肾与闭经的关系最为密切。多由票赋不足，肾气未盛，而气未未裕，天癸未充；或幼年多病，发育障碍，天癸不能如期泌至，任脉不通，冲脉不盛，而致月事迟迟不行，或经来后期量少，行后又闭。或因多产、堕胎、房事不节；或久病及肾，阴精损耗；或产时大出血，血去精亏；或流产过频、手术不当，损伤肾气冲任，致肾气不足，精血匮乏，肝失所养，冲任俱虚，月经停闭。闭经属于虚者，当以肾虚为主；由于肝肾同源，阴阳互根，具体又当区分为肝肾不足、肾阴亏损、肾阳虚衰抑或阴阳两虚等不同证据。
现代医学先天发育不良所致的闭经，或内分泌性闭经，如垂体、卵巢功能不足，甲状腺肾上腺机能亢进或低下，或席汉氏综合征、卵巢早衰、“创伤性闭经”中之一部分等可属此型。
（二）气血虚弱
血是月经的主要成分，血赖气行。若素体脾胃虚弱，化源不足；或饮食劳倦，忧思过度损伤心脾；或大病、久病，或数脱于血(如堕胎、小产或其他疾病失血)，或哺乳过久，或虫积噬血，以致营血亏损，气血不足，月经源流衰少，血海枯竭，致成经闭。正如《兰室秘藏妇人门》云：“妇人脾胃久虚，或形赢气血俱衰，而致经水断绝不行”。现代医学认为贫血，营养不良，维生素或微量元素缺乏等导致的闭经应属此类。
（三）阴虚血燥
素体阴虚，或失血伤阴，或久病阴血亏耗，或劳凛骨蒸，或辛燥伤阴，阴虚火旺，灼伤营阴，血海干涸，发为经闭。《景岳全书•妇人规，血枯经闭》说：“正因阴竭，所以血枯。或以咳嗽，或以夜热。”结核性闭经属于此类。
（四）气滞血瘀
情志不遂，郁怒伤肝；或环境改变，精神紧张；或突受刺激，致肝气郁结，气机不通，血滞不行，胞脉受阻，发为气滞血癌之实证经闭。《万氏女科》曰：“忧愁思虑，恼怒怨恨，气郁血滞而经不行。”此证多见于因精神因素影响下丘脑及垂体前叶功能所致的经闭。
（五）痰湿阻滞
多见于肥胖之人。素多痰湿，或病痰湿之证，或脾阳不运，湿聚成痰，痰湿下注；或素体肥胖，脂，痰、湿阻滞冲任，壅塞经隧而致月事不行。《女科切要》曰：“肥人经闭必是痰湿与脂膜壅塞之故。”此证可见于垂体功能减退、甲状腺机能不足引起内分泌失调，体液代谢障碍所致闭经，常与多囊性卵巢或者脑垂体肿瘤等病变有关。
（六）寒湿凝滞
经期，产时血室正开，风冷寒邪客于胞中；或临经涉水受寒；或内伤生冷，血为寒瘀，瘀血寒湿于下焦冲任，胞脉阻隔而致经水不行。《妇人大全良方》云：“寒气客于血室，以致血气凝滞。此证可能与寒冷(湿)刺激通过大脑皮层影响下丘脑，致使副交感神经兴奋或内分泌异常，而致卵巢、子宫功能失调有关。