鼻咽癌的好发部位在鼻咽癌侧壁，尤其是咽隐窝，其次是顶壁，鼻咽癌恶性程度高、呈浸润性生长，可直向周围及全部近组织浸润、扩散。向上可以破坏颅底界质侵入颅内，累及颅神经；向前侵犯鼻腔上颌窦，前组筛窦；向后浸润颈椎前软组织及颈椎；向下可累及口咽、喉咽。
鼻腔粘膜下有丰富的淋巴管网，且淋巴引流可跨越中段，到对侧颈部，鼻咽癌的颈淋巴结转移发生早，转移率高，远处转移与颈淋巴结转移密切相关，随着颈淋巴结的肿大，数目的增多，远处转移的机会明显亦增加。远处转移最常见的部位是骨，其次是肺、肝、且常为多个器官同时发生转移。