本病须与下列疾病鉴别：
咽旁脓肿
为咽旁间隙的急性化脓性炎症，肿胀部位在一侧颈外下颌部，伴有压痛，病侧扁桃体和咽侧壁被推向中线，但扁桃体本身无病变可见。
智齿冠周炎
多发生在下牙槽内侧，牙冠上覆盖肿胀组织，红肿可波及舌腭弓，但扁桃体和悬壅垂一般不受波及。
急性白血病
有时咽峡部呈急性炎症现象，但疼痛轻，局部有出血坏死，牙龈部亦有出血灶，根据血象和骨髓像可得确诊。
扁桃体恶性肿瘤
多见于成人。单侧扁桃体肿大，局部炎症不明显，质硬，表面光滑或有溃疡，或呈菜花状，早期临床症状不明显。易早期颈淋巴结转移，局部活检即可确诊。