口腔溃疡的病因较复杂，临床治疗要根据不同的诱因，针对性地治疗，才能获得好的疗效。如：解除精神紧张的压力、镇静、安眠、戒烟、酒等;有消化道疾患的要治疗相应的疾病，增加机体的抵抗力，对于溃疡局部，可采用局部涂擦止痛，消炎，促进愈合的药物。如：鱼肝油糊剂，强的松糊剂，养阴生肌散，溃疡膏等，或者在进食前局部涂擦局麻药，以减轻疼痛。
口腔溃疡在很大程度上与个人身体素质有关，要想完全避免其发生可能性不大，但尽量避免诱发因素，仍可降低发生率。
1、 注意口腔卫生，避免损伤口腔黏膜，避免辛辣性食物和局部刺激。
2、 保持心情舒畅，乐观开朗，避免事情和着急。
3、 保证充足的睡眠时间，避免过度疲劳。
4、 注意生活规律性和营养均衡性，养成一定排便习惯，防止便秘。
众所周知，“口腔溃疡”经一般的药物治疗后，可以在较短时间内得以恢复。而“复发性口腔溃疡”则不然，它易复发、周期短，且极易感染，如不及时治疗，病情反复发作，拖延持久，还会转为“白塞氏综合症”，甚至累及脏腑，给患者的工作和生活造成了极大的痛苦。传统的激素和抗菌素疗法虽可暂时缓解病人的痛苦，但却无法避免由此疗法形成的菌群失调等毒副作用对身体造成的损害。