主要有两类：①遗传因素。来源于种族演化和双亲遗传两方面。在人类进化中，随着食物由生变熟和细软，咀嚼功能渐弱，致使口颌器官渐退化。其中，颌骨退化快于牙齿，导致牙量大于骨量，出现牙齿拥挤等错。双亲的牙颌畸形可遗传给子女。②获得因素。在胎儿期，母亲患病 、接受放射线过量和外伤等，可导致胎儿先天性牙颌面畸形，如唇腭裂合并牙畸形；小儿疾病如佝偻病、慢性鼻炎和腭扁桃体炎等，人工哺乳时的奶瓶位置及喂养姿势不正确，儿童食物过细软，诸如吐舌、吮指、咬下唇、口呼吸和偏侧咀嚼等不良习惯，替牙期间的乳牙早失、滞留、邻面龋坏、多生牙和先天缺失牙等，均可引起错颌畸形。
据统计，与遗传因素有关的牙颌畸形约占30％，矫治有一定的困难；而多数后天因素引起的传畸形是可以防治的。