免疫系统的主要功能首先是能够区分敌我，凡是不属于自身的或与自身性质不相同的东西，可加以识别，并产生免疫应答，产生相应的抗体，以消除入侵的有害微生物、衰老或畸变的细胞等，发挥免疫防御、免疫监视和自身稳定的生理功能。
抗原多由外界进入体内，机体把它视为有害物，由血液中的R淋巴细胞产生抗体来对抗。在正常情况下，免疫系统对自身成分不会产生免疫应答，或只产生极微弱的免疫应答。在正常人血清中可以有多种对抗自身抗原的抗体，其效价很低，因而不足以破坏自身正常成分，但可以协助清除衰老蜕变的自身成分。这种机体对自身抗原产生自身抗体或致敏淋巴细胞的反应，称为自身免疫反应。自身免疫反应如果达到一定强度，以致破坏正常组织结构，并引起临床症状时，就称为自身免疫性疾病。