重症肌无力患者血清中约有15％未检测到乙酰胆碱受体抗体，这些患者被称为抗体阴性重症肌无力(seronegative MG，SNMG)。由于这些患者的临床表现与抗体阳性的重症肌无力患者基本相似，对免疫抑制剂治疗敏感，并且在给小鼠注射抗体阴性的血清或免疫球蛋白亦能复制出重症肌无力模型，因此，就重症肌无力发病机理而言，除乙酰胆碱受体抗体的介导外，可能还有其他的抗体或分子参与。
(1)与重症肌无力有关的横纹肌抗体
早在1960年，人们就发现重症肌无力患者血清中存在抗横纹肌成分的抗体，由于不清楚他们所针对的抗原性质，故这些抗体曾一度被命名为横纹肌抗体。
(2)肌肉特异性激酶及其抗体
有研究发现，在SNMG患者血清中并未检测到乙酰胆碱受体抗体，血清中的IgG也不能与表达在人胚肾293细胞上的乙酰胆碱受体结合，但却能明显地与横纹肌肉瘤细胞株TE671结合并能阻断乙酰胆碱受体的功能，这些结果显示SNMG患者血清中存在着某种物质，并且该物质可能是通过与细胞表面的其他分子结合而间接影响乙酰胆碱受体功能，如参与细胞内的信号传导或促进乙酰胆碱受体的聚集。肌肉特异性激酶就是与SNMG密切相关的蛋白质。
(3)其他非乙酰胆碱受体抗体机制
突触前膜抗体：1991年吕传真等检测发现，MG患者突触前膜也可能存在损害，但这些抗体是否参与MG的发病机制尚待进一步研究。
目前，对MG的研究大都集中在血清免疫学角度，那么，除血清中存在不同抗体外，骨骼肌本身的成分是否有变化呢。近年任惠民等通过分析MG患者和其他神经肌肉疾病患者骨骼肌蛋白成分，发现有一相对分子质量约25000的蛋白质在重症肌无力患者肌肉中表达明显低于正常人及其他神经肌肉疾病患者，关于该蛋白的结构和功能正在进一步研究中。