手术治疗重症肌无力就是胸腺或胸腺瘤的切除，此疗法只适应于有胸腺增生或有胸腺瘤的患者。该疗法被认为是西医治疗重证肌无力的主要手段，但并不是全部做了手术的患者都有效。
手术治疗重症肌无力患者注意事项
1、重症肌无力危象病人不宜手术治疗，应先药物治疗，待症状控制后再手术可以减少术后危象的发生。若药物治疗效果不佳，病情无法稳定而在危象期手术者仅有少数病例报道。
2、在30～40岁之间的女性患者，病程短、病情轻、伴胸腺增生者的全身型重症肌无力患者适用于手术治疗。
3、单纯眼肌型重症肌无力患者适用于手术治疗。
4、凡胸腺瘤病例或虽非胸腺瘤，但病情进展迅速，抗胆碱酯酶药物治疗效果不明显者，不管抗AchR抗体是否增高，均可作胸腺切除。
5、手术后还需要继续内科治疗以巩固疗效。