小儿癫痫的病因上可将癫痫分作两大类：一类是没有明确病因的癫痫，这一类癫痫占癫痫患者总数20%，大多与遗传有关，因此也称作隐源性癫痫或遗传性癫痫。另一类是可查出明确病因的癫痫。
虽然小儿癫痫的病因十分复杂，但随着医学科技的快速发展，大部分病因已被人们明确认识，最常见的病因包括以下这些。
1、遗传代谢病，如苯丙酮尿症，高氨血症，脑脂质沉积症，维生素b6依赖症等。
2、营养代谢障碍及内分泌疾病，常见有的低血糖、低血钙、低血镁、维生素b6缺乏，甲状腺功能低下。
3、脑血管病：如脑血管畸形、颅内出血、脑血管炎、脑梗塞等。
4、神经皮肤综合症：最常见的有结节性硬化，神经纤维瘤病和脑三叉血管瘤病等。
5、围产期脑损伤，主要是产伤、窒息、颅内出血、缺氧、缺血性脑病，中其以缺氧缺血性脑病而致癫痫者最常见。
6、颅内感染：如细菌性脑膜炎、病毒性脑炎、脑脓肿、霉菌性脑膜炎、脑寄生虫病、接种后脑炎、传染后脑炎等。
7、外伤：由外伤而致的颅内出血、颅骨骨折、脑挫裂伤等均可引起癫痫，但发病率与损伤程度及部位有关。
8、先天脑发育畸形，如无脑回畸形，巨脑回畸形，多小脑回畸形，灰质异位症，脑穿通畸形，先天性脑积水，肼胝体发育不全，蛛网膜囊肿，头小畸形，巨脑症等。
9、围产期脑损伤，主要是产伤、窒息、颅内出血、缺氧、缺血性脑病，中其以缺氧缺血性脑病而致癫痫者最常见。
10、颅内感染：如细菌性脑膜炎、病毒性脑炎、脑脓肿、霉菌性脑膜炎、脑寄生虫病、接种后脑炎、传染后脑炎等。
11、高热惊厥后脑损伤也导致癫痫。