癫痫病人经系统抗癫痫药物治疗无效，或出现严重的药物毒副反应时应考虑手术治疗。对于癫痫发作频繁的婴儿和儿童，则应考虑早期手术，以阻止癫痫对脑发育的影响。以下几方面是在选择手术病例时所需考虑的：
1．顽固性
选择适合手术的癫痫病人时，首先应确定病人是否为顽固性癫痫。经抗癫痫药系统治疗后，癫痫仍频繁发作的病例应考虑手术。对于顽固性癫痫的评定建立在病人对药物毒副反应耐受的基础上，当治疗药物浓度已给病人带来严重的毒副反应时，应考虑手术治疗。随着手术治疗效果的提高和手术风险的降低，对于有些病人即使发作不频繁，也可考虑手术。
2．功能障碍
目前普遍认为，只有当癫痫影响病人的日常生活时才考虑手术治疗。若癫痫仅在夜间发作，则不会对病人日常生活产生大的影响。功能障碍这一概念主要适用于成人或学龄期儿童。
3．进行性加重
癫痫发作是否会进行性加重，目前仍有争议。癫痫病的进行性加重表示有继发性癫痫灶的产生或病变的神经元增多，使得癫痫发作程度加重，药物和手术治疗效果低。任何类型癫痫长期发作都会对脑功能产生负性作用，并最终引起智力、行为方而的异常，早期手术可减少病人脑功能的损害。
4．对生长发育的影响
在新生儿和幼儿，长期的癫痫发作较易对正常的脑发育产生负性作用。由于新生儿和幼儿处于脑可塑性的关键阶段，癫痫病灶外的正常脑组织的发育依赖感觉传导通路和邻近脑皮质的生理信号的刺激，而来源于癫痫病灶的异常放电则形成异常的电化学环境，造成皮质在突触，细胞膜水平上的永久性异常发育。因此对于新生儿和幼儿强调早期阻断这一恶性循环显得更为重要。另一方面，新生儿和幼儿时期的脑组织存在着极强的代偿能力，虽然癫痫灶对脑功能的形成产生破坏性作用，但大脑功能受影响的部分往往可在大脑其他部位通过重塑而得以代偿，因此大大地降低了术后将会造成的神经功能障碍的发生率，也因此减常，早期手术可减少病人脑功能的损害。
4．对生长发育的影响
在新生儿和幼儿，长期的癫痫发作较易对正常的脑发育产生负性作用。由于新生儿和幼儿处于脑可塑性的关键阶段，癫痫病灶外的正常脑组织的发育依赖感觉传导通路和邻近脑皮质的生理信号的刺激，而来源于癫痫病灶的异常放电则形成异常的电化学环境，造成皮质在突触，细胞膜水平上的永久性异常发育。因此对于新生儿和幼儿强调早期阻断这一恶性循环显得更为重要。另一方面，新生儿和幼儿时期的脑组织存在着极强的代偿能力，虽然癫痫灶对脑功能的形成产生破坏性作用，但大脑功能受影响的部分往往可在大脑其他部位通过重塑而得以代偿，因此大大地降低了术后将会造成的神经功能障碍的发生率，也因此减轻了手术对大脑功能的影响。