单纯疱疹病毒性脑炎采用无环鸟苷（阿昔洛韦）具有很好的效果。目前临床上对于怀疑单纯疱疹病毒性脑炎或病因不明的病毒性脑炎或脑膜炎患者均采用无环鸟苷治疗。对于巨细胞病毒性脑炎患者，可采用更昔洛韦治疗。对于不能除外非病毒感染的患者，在抗病毒治疗的同时，严密观察病情进展，及时复查腰穿，根据脑脊液化验结果调整治疗。
其他治疗方法包括脱水降颅压、降温、止痉等，病情严重者可短期应用激素治疗。同时给予支持治疗，加强护理。
病毒性脑炎的预防主要是加强身体锻炼，增强体质；及时治疗感冒或上呼吸道感染；注射疫苗（麻疹、流行性腮腺炎、风疹等）；避免过度劳累等。