1、三叉神经痛：第三支易与舌咽神经痛混淆。用4%可卡因或1%邦托卡因喷射咽后壁或扁桃体区，若疼痛减轻可与三叉神经下颌支痛鉴别。
2、喉上神经痛：喉上神经为迷走神经的分支，该神经痛可单独存在，也可与舌咽神经痛伴发。疼痛发作常起自一侧喉部，该处常有明显压痛，如在该区行局麻，往往疼痛暂时缓解，可资鉴别。
3、中间神经痛：为一侧耳部剧痛，发作时间较长，常伴外耳道或耳廓疱疹，有时可引起周围性面瘫。个别不典型仅表现为耳痛者，与表现为单纯耳痛的舌咽神经痛不易区别，这种情况手术时除切除舌咽神经痛，还需切除中间神经。
4、继发性舌咽神经痛：疼痛为持续性，阵发性加重，无触发点，检查中可见患侧有某些舌咽神经功能障碍（如舌咽部感觉和舌后部味觉减退，咽反射迟钝，软鄂运动无力等）或其它阳性神经体征。头颅CT或MRI检查有局部病变发现。