舌咽神经痛为混合神经。起自延髓，与迷走神经、副神经一起由颈静脉孔出颅，分布于舌及咽部，是舌及咽部的重要痛觉传入神经。 舌咽神经在经过颈静脉孔处有两个膨大的神经节：位于颈静脉孔稍下方的为下神经节，内脏传入纤维的细胞体在此节内，其周围突至舌后1／3及咽部，传入痛、温、触、味觉、颈内动脉窦和体的冲动，中枢突至孤束核。位于颈静脉孔上方的为上神经节，躯体传入纤维的细胞体在此节内，其周围突至耳后皮肤，中枢突至三叉神经脊束核，传入耳后皮肤的一般感觉。舌咽神经的特殊内脏运动纤维起自疑核，支配茎突咽肌。一般内脏运动纤维（副交感节前纤维），起于下泌涎核，其纤维至卵圆孔下方的耳神经节换神经元，节后纤维至腮腺，支配腮腺的分泌。
舌咽神经痛损伤表现为舌后1／3味觉消失，舌根及咽峡区痛觉消失，咽肌收缩力弱，泌涎障碍。
第九对脑神经，以背侧支为主体。所以相当于脊髓神经节的岩神经节见于颅下方的附近。被看作为第一鳃弓的神经，在鱼类，鳃裂后支分布至口腔粘膜和舌部，鳃裂前支分布至舌弧；在羊膜类鳃裂后支形成主干，是混合性神经。其运动纤维支配舌骨肌和咽头肌，也包括耳下腺的分泌神经。感觉神经纤维传导舌根部的味觉和触觉。低等脊椎动物的咽头支，在哺乳类则成为鼓室神经，由岩神经节到达中耳。咽神经的运动纤维的起始核是延脑的泌涎核和疑核。