鼻咽癌的发生可能是多因素的，其癌变过程可能涉及多个步骤。
1）遗传易感性 根据孟德尔的遗传定位来看，鼻咽癌不属于遗传性疾病，但是从流行病学研究所发现的情况，又提示遗传背景在鼻咽癌发病过程中起着十分重要的作用。主要对人类白细胞抗原，姐妹染色单体交检率，染色体脆性部位及畸变的研究。
2）EB病毒：目前还不能认为EB病毒就是鼻咽癌的病因，在鼻咽癌发病方面，EB病毒很可能以遗传因素和（或）某些特定环境因素为前提才能发挥致癌作用。
3）环境因素：环境因素对鼻咽癌的发病起着重要的作用，与鼻咽癌的发生有关联的物质有：
(1) 亚硝胺类：可诱发动物肿瘤，其中二甲基亚硝胺，二已基硝胺，在广州咸鱼中含量高，认为广东人鼻咽癌发病率高，可能与幼儿时期吃咸鱼的习惯有关。
(2) 芳香烃：在鼻咽癌高发区的家庭内，每克烟尘中3，4－苯并芘含量达16.83ug，明显高于低发区家庭。