目前，大肠癌已广泛采用中西医结合治疗。从整体观念出发，从邪、正方面情况分析，运用中西医结合治疗，取长补短，可获得较好效果。
早期患者以根治手术为主，手术后不用化疗，服以扶正祛邪中药。慈丹胶囊，每次5粒，每日4次；扶正固本胶囊，每次5粒，每日4次。
中、晚期患者，有的可作手术前放射治疗，但仍应争取手术根治，或姑息性切除后再以化疗放疗及中药治疗，以巩固疗效。晚期患者已不适于做手术治疗者，可配合化疗、姑息性放疗及服用中草药，以延长生存期。慈丹胶囊、Y消癀（Y痛康）配合放疗。
临床上已作根治性切除，但已有区域淋巴结转移，或癌细胞已浸润至邻近器官或组织已经切除，手术后可以中药加化疗综合治疗。
化疗常用药氟脲嘧啶，静脉注射，每千克体重15mg，每日1次，连续5天，然后改为每千克体重7.5mg，间日1次，总量为6～8g。或用MFV方案（丝裂霉素每周4mg，总量为16～24mg，氟脲嘧啶500mg，每周3次，加入5％葡萄糖静脉滴入；长春新碱1mg，每周1次，共6～8周）；亦有试用卡氮芥（BCNV）者，每次125mg，溶于等渗盐200ml静脉滴入，每日1次；连续两天，每周重复1次。化疗期间配合中药以减轻毒副反应，并以中药扶正祛邪方药治疗。
大肠癌治疗效果及预后的好坏，主要取决于病变是否是在早期及细胞分化的程度。病变局限在肠壁内的5年生存率较高，已侵透肠壁全层则预后较差。如有淋巴结转移，则5年生存率更低。
在大肠癌中，结肠癌、直肠部癌及肛管癌，由于部位不同，手术治疗方法有很大的不同。肛门部癌的细胞形态的结肠及直肠癌不同，其中2/3是鳞状细胞癌，1/3是基底细胞癌，故手术以后以广泛的局部切除为主，肛管癌应行腹会阴联合直肠切除术。放疗有一定效果，而药物治疗一定效果，而药物治疗对肛门部癌症效果不佳。
晚期肛门部癌症有菜花样肿物或溃烂时，除内服汤剂中药外可以下方煎水坐浴浸洗，每日2-3次。
坐浴方：苦参30g，五倍子30g，龙葵30g，马齿苋4g，败酱草30g，黄柏10g，土茯苓30g，山豆根20g，黄药子30g，枯矾30g，冰片少许（后下），漏芦30g。