过去认为，胆囊癌对化疗并不敏感，运用较少。但随着化学药物不断研发并经临床验证确实有效，大大提高了胆囊癌化疗的治疗水平。如今，胆囊癌化疗在综合治疗中占有重要的地位。
胆囊癌化疗有介入化疗和全身性化疗两种。
1、胆囊癌介入化疗：中期胆囊癌患者应先行化疗，杀灭或局限囊外浸润或转移灶，创造时机争取Ⅱ期手术切除；或配合手术，争取辅助措施杀灭手术后残存的瘤灶或癌细胞团。胆囊癌介入化疗最有有效的是（超）选择性胆囊动脉或肝动脉灌注化疗技术。
2、全身性化疗：临床大量研究，对于根治术后化疗和不能手术者，或术后复发的患者，化疗都有一定的疗效。常用的联合化疗方案为FAM方案、FAB方案、FM方案。另外，卡莫司汀（BCNU）、优福定（UFT）、替加氟（FT-207）是较为有效化疗单药。
胆囊癌化疗有一定的适应症和禁忌症，一些不宜手术或放疗的各期病人，以及晚期广泛转移的但脏器功能正常的均可考虑胆囊癌化疗。