阴茎癌通常表现为阴茎龟头处一个难以愈合的小病灶。确切的外观具有多样性，可以从平坦质硬型到大块外生型生长。这种肿瘤主要发生在那些未行包皮环切的男性身上，大约有一半的肿瘤位于龟头，20%在包皮上，20%同时发生在龟头和包皮，其余的发生在阴茎体。有时会出现多个病灶。
从病人首次发现病灶到寻求治疗经常会有显着的延误，从8个月到1年不等。延误的原因可能是由于病人不愿意寻求治疗、不正确的诊断或病人对小病灶没有在意。
阴茎病灶可能会被误诊为感染而接受不适当的治疗直至得到正确的诊断。而且因为阴茎癌常发生在未行包皮环切的男性身上，有时直到原发病灶侵犯阴茎包皮或因相伴感染引起恶臭才被发现。许多患者还因包皮过长导致很难进行龟头的检查。
这种病变一般很少引起疼痛，即使在广泛的组织破坏之后。肿瘤起初可以表现为龟头处充血的斑块。龟头处的红斑疹样改变并且活检证实为原位癌的病变又称为红斑增生病。
病灶还可以表现为包皮处久不愈合的溃疡。当肿瘤进展时，可以看到溃疡性的生长方式并侵蚀破坏周围的正常组织。这些病灶常常会发生感染，产生众多的恶臭脓液。