非淋菌性尿道炎从感染到发病一般为1～3周，典型的表现是尿道有刺痒感，伴有或轻或重的尿急、尿痛及排尿不畅感觉。
当男性清晨起来第一次排尿或较长时间不排尿时，可发现尿道外口有少量的粘液性分泌物流出，或者有时仅仅只能发现内裤被少量分泌物玷污，尿道口有分泌物干枯后产生的痂膜封住，当排尿时，由于尿流受痂膜阻挡，可产生尿流分叉现象。有些病人可无任何表现，由于发病缓慢，症状不典型，经常容易被误诊或漏诊。另外，有些病人上述非淋菌性尿道炎表现与淋球菌感染同时发生时，常常会因诊治淋病而忽略了非淋菌性尿道炎的存在，直到用了大量抗淋球菌的药物而尿道症状依然存在时才考虑到非淋菌性尿道炎。
女性患者的表现可更不典型，有的可以毫无症状，但她们的泌尿生殖道却带有衣原体或支原体，并可以通过性交传染给她们的性伴侣。由于临床表现不明显，长期不能被患者本人所重视而主动去就诊，这样在女性可产生子宫颈炎、子宫内膜炎及输卵管炎。